Im Zuge der Restaurierung des Münchner Doms bis 1994 wurde auch die Hauptorgel neu gebaut. Damit verfügt der Dom heute über vier Orgeln aus der Werkstatt Georg Jann, Alkofen (bei Regensburg): der 4-manualigen Hauptorgel (1994) mit 95 Registern, der Chororgel oder Andreasorgel (1993) im südlichen Seitenschiff auf Höhe des Chores mit 36 Registern auf drei Manualen, der Holzorgel in der Sakramentskapelle (1985) mit elf Registern.
Die Andreasorgel ist über Lichtfaserleitungen mit der Hauptorgel verbunden und kann deshalb auch von der Westempore gespielt werden. Die Hauptorgel selbst hat einen festen Spieltisch mit mechanischer Traktur und einen identischen fahrbaren Spieltisch auf der Chorebene.