Im Jahr 1802 wurde das Bistum Freising, das zugleich auch Fürstbistum war, durch die Säkularisation aufgelöst und das Erzbistum München und Freising mit dem Sitz des Erzbischofs in München neu gegründet. Dafür musste eine repräsentative Kirche gefunden werden: die 1494 eingeweihte Pfarr- und Stiftskirche "Zu Unserer Lieben Frau". Mit "Dom" wird also eine Bischofskirche, die Haupt- und Mutterkirche eines Bistums, bezeichnet. "Frauenkirche" ist die praktische, aber doch liebevolle Verschmelzung des Titels der Schutzherrin, der Gottesmutter Maria, mit dem Kirchenbau der ehemaligen Pfarr- und Stiftskirche.