Hinter dem Altarraum führt eine doppelläufige Treppe in die Krypta, den Begräbnisort zahlreicher Wittelsbacher, von Kaiser Ludwig dem Bayern bis zum letzten bayerischen König Ludwig III., zahlreicher Stiftskanoniker sowie der Erzbischöfe von München und Freising (Michael Kardinal Faulhaber (1869-1952), Joseph Kardinal Wendel (1901-1960) und Julius Kardinal Döpfner (1913-1976)).
Der moderne nüchterne Raum der Krypta mit Ziegelsichtwänden und Sichtbetonbalkendecke entstand 1971 anstelle einer größeren Krypta aus Zeiten des Wiederaufbaues. Sie dient mit ihrem schlichten Altar als Gottesdienstraum für kleinere Gruppen.
In der Mitte der Südwand befindet sich der Eingang zu der gewöhnlich nicht zugänglichen Kapitelgruft, in deren Seitenwände seit Ende des 17. Jahrhunderts rund einhundert Gräber eingefügt wurden. Stiftskanoniker, Mitglieder des Münchner Patriziats und des Adels haben hier ihre katakombenartige letzte Ruhestätte. Auch die Gräber der Erzbischöfe bis zum Jahr 1917 befinden sich hier.
An der Westwand ist seit 1977 das Passions-Tryptichon von Karl Caspar als Altarbild aufgehängt.